Zakład Biochemii Fizycznej

Liczba godzin: 30 godzin ćwiczeń
Punkty ECTS: 3
Semestr: letni
Dla kogo: kurs przeznaczony dla studentów studiów magisterskich (II stopnia) kierunku chemia
Warunki uczestnictwa: Chemia fizyczna, Biochemia

Koordynator kursu:
prof. Marta Dziedzicka-Wasylewska
Opiekun ćwiczeń:
dr Sylwia Kędracka-Krok
Prowadzący ćwiczenia:
dr Piotr Bonarek, dr Andrzej Górecki, dr Sylwia Kędracka-Krok, dr Sylwia Łukasiewicz, dr Agnieszka Polit, mgr Anna Chmielińska
Godziny i miejsce ćwiczeń:
poniedziałek, godziny 11:15-13:30 (grupa 2B) i 14:00-16:50 (grupa 3B)
pracownie Zakładu Biochemii Fizycznej

Tematyka kursu:
Zajęcia laboratoryjne: Wyznaczanie struktury drugorzędowej białek i DNA poprzez pomiary dichroizmu kołowego (ang. circular dichrism – CD). Pomiary czasów życia fluorescencji wewnętrznej białek. Badania oddziaływania białko-ligand przy użyciu izotermicznej kalorymetrii miareczkowania (ang. isothermal titration calorimetry – ITC). Zastosowanie pomiarów fluorescencji w badaniach zmian strukturalnych białek i błon lipidowych. Badania procesów fałdowania i denaturacji białek metodami dichroizmu kołowego i skaningowej mikrokalorymetrii (ang. differential scanning calorimetry – DSC). Pomiary kinetyki enzymatycznej z zastosowaniem metody zatrzymanego przepływu (ang. stopped-flow).

1. W trakcie trwania kursu dopuszcza się 1 nieobecność na ćwiczeniach,  w wyjątkowych sytuacjach dwie nieobecności przy czym jedna z nich musi być usprawiedliwiona a ćwiczenie odrobione.
2. Spóźnienie większe niż 15 minut daje prowadzącemu prawo nie wpuszczenia studenta na zajęcia.
3. Zmiana grupy ćwiczeniowej jest dopuszczalna tylko w nadzwyczajnej sytuacji, po konsultacji z prowadzącym dane ćwiczenie.
4. Studentów obowiązuje merytoryczne przygotowanie do każdego ćwiczenia na podstawie instrukcji do ćwiczenia oraz literatury wskazanej przez prowadzącego.
5. Warunkiem zaliczenia poszczególnych ćwiczeń jest oddanie sprawozdania.
6. Sprawozdania powinny być pisane w parach. Osoba, której nazwisko nie znajdzie się w sprawozdaniu, musi napisać sprawozdanie samodzielnie.
7. Czas na oddanie sprawozdania wynosi 1 tydzień, za każdy tydzień zwłoki ocena wyjściowa będzie obniżana o pół stopnia.
8. 8.    Sprawozdanie zawierające plagiat jest oceniane na 0 punktów (liczone do średniej).
9. Ocena z danego ćwiczenia jest średnią z ocen: oceny uzyskanej w trakcie zajęć (kolokwium wstępne) i oceny ze sprawozdania.
10. Ocena końcowa z ćwiczeń jest średnią arytmetyczną z ocen cząstkowych z poszczególnych ćwiczeń.
11. Warunkiem dopuszczenia do testu końcowego jest uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń (ocena co najmniej dostateczna). Wszystkie sprawozdania muszą być oddane przynajmniej 5 dni przed testem.
12. Ocena z egzaminu końcowego stanowi końcową ocenę z kursu.
13. Uwaga! Zaliczenie ćwiczeń na ocenę bardzo dobrą jest premiowane trzema punktami doliczanymi do liczby punków uzyskanych z testu, zaś na ocenę dobrą plus – dwoma punktami.

ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE
Termin i miejsce: 29 lutego 2016, godz. 11:00, sala 2.01.11 (na terenie Zakładu Biochemii Fizycznej, parter)
Prowadzący: dr Sylwia Kędracka-Krok

Ćwiczenie nr 1
Termin i miejsce: 7 marca 2016, sala 2.01.16
Temat: Pomiary czasów życia fluorescencji wewnętrznej białek
Prowadzący: dr Sylwia Łukasiewicz

Ćwiczenie nr 2
Termin i miejsce: 14 marca 2016, sala 2.01.3
Temat: Wyznaczanie struktury drugorzędowej białek w roztworze metodą dichroizmu kołowego
Prowadzący: dr Andrzej Górecki

Ćwiczenie nr 3
Termin i miejsce: 21 marca 2016, sala 2.01.04
Temat: Pomiary szybkiej kinetyki enzymatycznej metodą zatrzymanego przepływu
Prowadzący: dr Sylwia Kędracka-Krok

Ćwiczenie nr 4
Termin i miejsce: 4 kwietnia 2016, sala 2.01.11
Temat: Badanie przejść fazowych w błonach biologicznych metodą pomiaru anizotropii fluorescencji
Prowadzący: mgr Anna Chmielińska

Ćwiczenie nr 5
Termin i miejsce: 11 kwietnia 2016, sala 2.01.16
Temat: Badanie rozwijania białek metodą kalorymetrii różnicowej
Prowadzący: dr Sylwia Kędracka-Krok

Ćwiczenie nr 6
Termin i miejsce: 18 kwietnia 2016, sala 2.01.3
Temat: Badanie procesów denaturacji białek mocznikiem poprzez pomiary dichroizmu kołowego
Prowadzący: dr Agnieszka Polit lub dr Piotr Bonarek

Ćwiczenie nr 7
Termin i miejsce: 25 kwietnia 2016, sala 2.01.19
Temat: Zastosowanie metody wygaszania fluorescencji wewnętrznej do badań strukturalnych białek
Prowadzący: dr Sylwia Łukasiewicz

Ćwiczenie nr 8
Termin i miejsce: 9 maja 2016, sala 2.01.3
Temat: Analiza konformacji DNA przy pomocy dichroizmu kołowego
Prowadzący: dr Piotr Bonarek

Ćwiczenie nr 9
Termin i miejsce: 23 maja 2016, sala 2.01.19
Temat: Badanie oddziaływania białko-ligand metodą ITC
Prowadzący: dr Piotr Bonarek

1. Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, P. Shing Ho „Principles of Physical Biochemistry" Pearson Education International
2. Charles Cantor, Paul Schimel „Biophysical chemistry" W. H. Freeman and Company
3. J. R. Lakowicz „Principles in fluorescence spectroscopy" Kluwer Academic Publisher
4. Peter Atkins „Chemia fizyczna" PWN